Perry chết vì ung thư tuyến tiền liệt vào ngày 29 tháng 8 năm 1995, tám ngày sau sinh nhật lần thứ 65 của ông, tại Trung tâm Ung thư Tưởng niệm Sloan Kettering ở Manhattan.[4] Bộ phim cuối cùng của ông, On the Bridge (1992), là một bộ phim tài liệu tự truyện về căn bệnh của ông. Tro cốt của ông nằm rải rác trên núi Aspen, Colorado, nơi anh ông ba năm cuối đời.[5]

Tác giả Justin Bozung, người đã nghiên cứu về cuộc đời của Perry từ năm 2013, hiện đang viết một cuốn tiểu sử chính thức có tựa đề Character Is Story: The Life & Film of Frank Perry. Cuốn sách dự kiến được phát hành vào năm 2021.[6][7]